Skogen i Norge, og også skogen i Agder, er vurdert å ha redusert økologisk tilstand ifølge Norsk institutt for naturforskning. Ulike effekter av skogbruk, som mangel på gammel skog, samt påvirkning fra bygninger, veier og kraftlinjer er ansett som hovedårsakene til at tilstandsnivået er lavt. Noen skogtyper er særegne for Agder, slik som for eksempel rik edelløvskog, og det er ekstra viktig at vi ivaretar og forvalter disse med tanke på å oppnå god økologisk tilstand.
Norsk rødliste (2021) viser at drøye 1400 arter i Agder står i fare for å dø ut. For noen av disse artene, som for eksempel strandtorn, finnes nesten hele bestanden av arten i Agder. Agder har et særskilt ansvar for å ivareta slike arter. For de truede artene som finnes i skog er mangel på død ved og gammel skog hovedårsaken til at artene er truet.
Den største trusselen mot naturmangfoldet i Agder er at leveområder for dyr og planter blir ødelagt og eller splittet opp av arealendringer. Ifølge en artikkel hos Statistisk sentralbyrå var rundt 46 prosent av Norges landareal mindre enn en kilometer unna en bilvei i 2022, mens kun 19 prosent var minst fem kilometer unna nærmeste bilvei. For arter som trenger store habitat som ikke er påvirket av trafikk, er store deler av landet ikke egnet.
Villreinen er en arealkrevende art som nå opplever at leveområdene blir fragmentert. Leveområdene til villreinen er sterkt redusert på grunn av tidligere utbygging av veier og vannkraft. Bygging av fritidsboliger og hyttelandsbyer i randsonene til villreinens leveområder er også en trussel mot villreinen, da ferdsel i slike områder forstyrrer villreinen og reduserer leveområdets funksjonalitet.
Også for andre hjorteviltarter vil fragmentering av leveområder påvirke bestandene. I kystområdene sør og øst for europaveien i Agder er bestandene av elg og hjort allerede påvirket. Det å ta vare på funksjonelle og sammenhengende leveområder vil også gjøre oss mer motstandsdyktige mot klimaendringene som kommer, særlig med tanke på de de hjorteviltartene som trives best ved lave temperaturer.
Den marine naturen er under sterkt press i Agder. Skagerrak har blitt betydelig forandret av klimaendringer og annen menneskeskapt påvirkning. Av alle havområdene i Norge, er det her endringen er mest markant ifølge Havforskingsinstituttet (Rapp.nr. 2023-17). Siden 2000 har det vært en betydelig nedgang i fangst av flere fiskearter langs Agderkysten, spesielt torsk.
I tillegg til å miste sin naturlige funksjon for de stedegne marine artene, senkes områdenes verdi også for sjøfugl og for menneskelig bruk og rekreasjon. Befolkningsvekst, økt utnyttelse av sjøarealer, klimaendring og havforsuring vil forsterke denne utviklingen i tiden som kommer.
Naturreservater, nasjonalparker og andre verneområder bidrar til å sikre naturverdier og bevare områder av internasjonal, nasjonal og regional verdi. Per 2023 finnes det mer enn 250 naturvernområder på Agder, og samlet sett er ca. 18,3 prosent av landarealet vernet. Det desidert største verneområdet er Setesdal Vesthei Ryfylkeheiene landskapsvernområde som skal sikre villreinens leveområder.
I henhold til naturavtalen skal vern av natur være representativt. Det er ikke tilfelle i Agder per i dag. Omtrent 50 prosent av landarealet består av skog, men kun 5,6 prosent av skogen er vernet. Til sammenlikning er 3,6 prosent av skogen satt av til byggeområder i kommunale planer. Mye av den verna skogen er impediment (uproduktiv), og det er faktisk planlagt å bygge ned mer produktiv skog i framtiden enn det vi har vernet fram til i dag.